Finalizada la denominada Conquista, se inicia un periodo que abarcaría más de dos siglos, durante los cuales se extendería y consolidaría la dominación española en el territorio, sólo resistida por los mapuches.
El Reino de Chile constituía administrativamente una Capitanía General con capital en Santiago. El control efectivo del territorio abarcado por ésta se reducía al Valle Central hasta el río Bio-bío. Al frente de la capitanía se encontraba el gobernador y capitán general, asesorado por la Real Audiencia, presidida por el mismo gobernador (razón por la cual se le denominaba indistintamente presidente o gobernador). La Audiencia, además de servir de órgano consultivo del gobernador, tenía las funciones de tribunal de apelaciones del reino.
Ambrosio O'Higgins, Gobernador de Chile entre 1788 y 1796
Como toda capitanía general, Chile era una zona especial de administración, pero en base al sistema de control recíproco de las autoridades, el rey Felipe II sujetó al gobernador a la vigilancia del virrey del Perú, al expresar en una real cédula de 1589 que debía "guardar, cumplir y ejecutar sus órdenes, y avisarle de todo lo que allí se ofreciese de consideración". A partir de dicha norma, los virreyes entendieron que la relación entre ambos era de efectiva dependencia, sin embargo, en algunos casos la relación del gobernador fue directa con el rey y en otras pasó por el virrey del Perú. La base de la relación es la real cédula antes mencionada, no obstante, hubo otras posteriores que perfilaron el tipo de relación efectiva entre la capitanía y el virreinato. Por ejemplo, mediante reales cédula, se autorizó a los virreyes a intervenir en Chile sólo en caso "alboroto y tumulto"; se facultó a los virreyes a poner en práctica estrategias militares en la guerra de Arauco (guerra defensiva) y, después se ordenó directamente al gobernador de Chile a implantarlas (guerra ofensiva). También se facultó a los virreyes para remover al gobernador y, posteriormente, se negó tal atribución.
Respecto a los recursos militares (armas, soldados, etc.) y el abastecimiento comercial, la capitanía dependió del virreinato. La administración de justicia de la capitanía era autónoma del virreinato, salvo la inquisición que correspondía a un delegado de Lima y los juicios de comercio que dependieron del consulado de Lima hasta 1795. En lo gubernativo la relación fue fluctuante, dependiendo del periodo, las instrucciones que enviaba el rey e incluso las personalidades de las respectivas autoridades (virreyes y gobernadores) y no hubo nunca una anexión formal de la capitanía al virreinato. Además, en ciertos periodos, por cuestiones estratégicas de seguridad del virreinato — por ejemplo, ante amenazas de corsarios— los virreyes intervinieron directamente en el gobierno de Chile, incluso por propia iniciativa. Asimismo, algunos gobernadores acostumbraron consultar o pedir instrucciones sobre temas urgentes al virrey, por la gran distancia que los separaba del rey, que se encontraba en España. Finalmente, en 1798, a propósito de una disputa entre el virrey O'Higgins y el gobernador Avilés, el rey Carlos III declaró que Chile era independiente del virreinato "como siempre debió entenderse".
La Guerra de Arauco tendría, a lo largo de la colonia, diversas etapas de alta beligerancia y otras más pacíficas: guerra ofensiva, guerra defensiva y parlamentos. Además, los gobernadores españoles tuvieron que enfrentarse, durante la segunda mitad del siglo XVII, a las repetidas incursiones de corsarios ingleses. Para el sostenimiento del ejército se estableció, en 1600, el real situado, una subvención de la corona pagada con cargo al tesoro del virreinato del Perú.
Mujeres de la Colonia, óleo de fray Pedro SubercaseauxAunque existía un sistema de monopolio, el contrabando se activó en forma ostensible durante el siglo XVIII, con la llegada de naves procedentes de Francia, Estados Unidos e Inglaterra. Sólo el establecimiento de la libertad de comercio con España, en 1778, permitió un intercambio más continuo con la metrópolis.
Durante este periodo se produjeron varios terremotos de gran magnitud. Entre otros, el ocurrido el 13 de mayo de 1647, que destruyó gran parte de la ciudad de Santiago; el de 15 de marzo de 1657, que dañó totalmente a Concepción y generó un tsunami; y el de 8 de julio de 1730 que volvió a dañar seriamente a Santiago y Valparaíso.
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